Interesante invento...

Estaba mirando en tu web y me da la impresión de que las dos Canon no son iguales (es la impresión que me da la foto, pero no distingo detalles ¿?). De ser así podría haber algunas sutiles diferencias en como captan ambas cámaras la misma escena. Incluso si fueran el mismo modelo supongo que habría pequeñas diferencias entre las dos (mecánicas - obturador, electrónicas, ópticas), auqnue supongo que serían casi inapreciables y no producirían diferencias tan sonadas en las fotos que has incluido arriba.

Otra cosa: ¿has probado hacer pruebas en exteriores sin flash? Lo digo como una prueba, aunque no sea lo que quieres hacer. Es por ver si el flash tiene algo que ver en todo esto (sincronización quizás)? De ser así entonces podrías acotar donde está el problema.

En fin, elucubro. Buena suerte con tus fotos.