Haz un escaneo del pen con tu antivirus nada más conectarlo al ordenador.
Otra opción más segura es conectarlo en Linux y mirar los archivos para ver si hay algún "regalo" extra.
Yo lo hago así desde que me contagiaron el windows con unas fotos pasadas por el pen, pues los virus se ven enseguida desde Linux como ejecutables de windows .exe o similar, y a Linux lógicamente no le hacen nada.

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