La decisión de no incluir el motor de enfoque en la D40 me parece una decisión acertada en ese modelo si es para poder reducir su precio. Aunque es generalizar mucho, una persona que tenga ópticas no AF-S o que piense ampliar su equipo con ópticas fijas (los últimos zooms de gama alta de Nikon o el macro 105 VR si que son AF-S) se compraría una D80 o una D200 y no una D40.
Bien es cierto que el 50 1.8 es un muy buen complemente para las ópticas del kit, en este caso si que es una pena, pero yo pediría una actualización de la óptica mejor.

Saludos.